Юрий Ильич Кононенко родился в Сибири и прожил в ней до 32-х лет. Учился в Иркутском политехническом, где и познакомился с Юрием Погребничко, творческий и дружеский союз с которым сохранится на всю жизнь. Все началось с институтской художественной самодеятельности, необычайно активной во время начинавшейся в стране Оттепели. В студенческом театре они сделали свои первые спектакли.
Почти сразу после окончания института в рамках всесоюзного конкурса «Алло, мы ищем таланты» получили рекомендацию знаменитого ленинградского педагога Розы Сироты для поступления в ленинградский институт театра, музыки и кино. Погребничко - как актер и режиссер. Кононенко – как сценограф на курс легендарного режиссера и художника Николая Акимова, который и стал его первым Учителем.
Через полтора года Акимов оставил свой курс и Кононенко уехал в Новосибирск работать главным художником театра кукол. Его оригинальное художественное видение настолько выбивалось из общепринятых рамок, что из театра его вскоре уволили. И Юра перебирается в Новосибирский академгородок. Шестидесятые были лучшими годами академгородка - островка единения творческой и научной интеллигенции, где сложилась особая духовная атмосфера столичной утонченности без присущей столице суетливости.
Кононенко прожил там пять самых счастливых лет в своей жизни. Он основал художественную школу. В ней занимались дети и взрослые, ученые и студенты университета. В городке прошли первые выставки Кононенко, кипела интенсивная творческая жизнь. Отсюда в 1966 году он выезжал в Москву для работы над первой постановкой Погребничко на профессиональной сцене московского ТЮЗа. Последний год жизни Юры в Академгородке - 1970 - был в основном посвящен театру. В этом году творческий тандем выпускает пять спектаклей в Новокузнецке. Они одни из первых начали ставить пьесы Вампилова, тогда еще молодого, совсем не известного автора.
Переехав в Москву, первые три года Кононенко практически в ней не живет – работает с Ю. Погребничко в разных театрах России - Омске, Красноярске, Лысьве, Ставрополе, Брянске, Владимире.
После вступления в 1974 в Союз художников иногда работает и с другими московскими режиссерами - Л.Хейфецом, Б.Щедриным, М.Левитиным. Но понять и в полной мере оценить сценографию Кононенко можно только в совместной работе с Погребничко. Самым известным их спектаклем в "доперестроечной" Москве стали «Три сестры» в театре на Таганке.
Но театр - только часть его жизни. Кононенко был живописцем, графиком, увлекался керамикой, делал слайд-фильмы – изобретенный им жанр, предвосхитивший современный видео-арт. В 1985 Погребничко впервые получает "свой" театр в Петропавловске-Камчатском. И Кононенко приезжает туда на постановку двух их любимых авторов - Вампилова и Островского. А через два года Погребничко получает приглашение в Москву возглавить театр на Красной Пресне, который позднее был переименован в театр ОКОЛО. Все спектакли до 1995 были оформлены Юрой. «Одевает» спектакли Надежда Бахвалова, которую Кононенко привел в театр за руку. Ее костюмы удивительно точно дополняют пространство двух Юриев – Кононенко и Погребничко. Кононенко - и в живописи, и в театре - никогда не занимали ни конкретный сюжет, ни достоверный быт. Его занимало только состояние человека, выброшенного куда-то, где ничего уже нельзя собрать, приладить одно к другому, ибо все разлетелось, потеряло свои начала и концы. Где и в самом человеке невосстановимо стерта причастность к быту и потребность в вещах